昭和26年（1951年）「柔道整復師に関する学校教育による免許制度」の制定にともない、この時期にはじめて本校を含む数校の養成施設が設立されました。本校は、こうした柔道整復師教育制度の草創期に、（社）東京都柔道接骨師会創設40周年記念事業「後継者育成のための養成施設の設置」により、昭和 28年（1953年）「（社）東京都柔道接骨師会付属養成所」として誕生しました。

昭和35年10月（1959年）には、文京区小石川に新校舎が竣工、名称も「（社）東京柔道接骨師会付属東京柔道整復専門学校」と改称し、第7期生〜第42期生、2800名余の優秀な人材を社会に送り出しました。

その後、運営上の難関との遭遇により、教育の独立事業化の必要性が顕著となったことから、昭和44年（1969年）には（社）東京都柔道接骨師会の付属を離れ、社団法人傘下の東京柔道整復専門学校として再出発しました。これにより、柔道整復師の後継者育成という創立目的を主軸としながらも、将来の柔道整復界の発展を担う人材をより広く社会に求めることとなりました。

第33期生を迎えた昭和60年（1985年）には、学校法人の許可を取得、新たに、学校法人杏文学園東京柔道整復専門学校となり、翌々年の昭和62年（1987年）には盛大に35周年を祝しました。

平成6年（1994年）夏には、現在の練馬区氷川台へ校舎を移設し、平成7年（1995年）4月には第43期生を迎えました。

平成11年（1999年）には、業界に先駆けて付属臨床実習施設を併設、臨床対応力ある柔道整復師育成へ向けた臨床教育の充実化を推進しました。

平成14年（2002年）には、設立50周年を全国第47期生までの同窓生3100名余の方々並びに第48期生〜第50期の在校生と一同に会し、盛大に祝すとともに、50周年記念事業の一環として、平成15年（2003年）より昼間部の併設許可を取得、昼夜間二部制による時流に沿った教育体系の充実化と多様化を実現、個人力を豊富に備えた将来を担う柔道整復師たる人材の育成をより一層強化しています。

また、平成19年（2007年）に55周年を迎え、19年、20年と2年連続で国家試験合格率トップという偉業を成し遂げました。